Bereits im 8. Jahrhundert stand hier der erste hölzerne Kirchenbau, von einem fränkischen Ehepaar gestiftet und dem hl. Martin von Tours geweiht, dem Nationalheiligen der Franken. Der Steinsarkophag der Stifter wurde 1980 gehoben und befindet sich nun im Markgräfler Museum Müllheim. Die erste Steinkirche wurde in der 1. Hälfte des 11. Jahrhunderts errichtet und später erweitert. Im 12. Jahrhundert kam der bis heute erhaltene Westturm hinzu, in dessen Durchgangsgewölbe sich Darstellungen des Jüngsten Gerichts aus dem 14. Jahrhundert befinden. Der heute sichtbare Kirchenraum stammt von 1610, der nach Kriegszerstörung wieder errichtet wurde. Auch die Ausmalung des Inneren im ländlichen Renaissancestil stammt aus dem 17. Jahrhundert. Mit der Einweihung der neuen protestantischen Stadtkirche 1881 ging die Martinskirche in städtischen Besitz über. So ist die Martinskirche das älteste Gotteshaus Müllheims, das auf einer kleinen Anhöhe erbaut wurde und wahrscheinlich den Siedlungskern des Ortes darstellt. Unter der Kirche wurden 1980, während Restaurierungsarbeiten, Reste einer großen römischen Villa entdeckt und Teile einer Hypocaustheizung im westlichen Kircheninneren sichtbar gemacht.

Nach einer wechselhaften Nutzung im 20. Jahrhundert, u.a. als Lazarett, Festhalle oder Kino, wird sie seit der Renovierung 1979-81 als Fest-, Kunst- und Konzertraum der Stadt Müllheim genutzt.
 

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